Predyspozycje Kopernika do zajęcia się medycyną zauważone zostały już w 1501 r., gdy kapituła warmińska udzieliła Mikołajowi zgody na urlop przeznaczony na odbycie studiów medycznych. Kopernik powrócił wówczas do Włoch, gdzie studiował wcześniej prawo kanoniczne  i zapisał się na uniwersytet w Padwie. Jak się wydaje, młody kanonik poważnie traktował studia lekarskie, skoro na marginesie jednej z prac medycznych zapisał: “Zapamiętaj to lekarzu! Prawdziwe jest owo powiedzenie Awicenny, że nie wiedzący doprowadza do zabójstwa i dlatego jego powiedzenie powinno być w pamięci każdego ostrożnego lekarza”. Pobyt w Padwie Kopernik wykorzystał do nabycia kilku traktatów medycznych, m.in. Hugona Senensis (Super quarta Fen primi Canonis Avicennae, 1485), Joannesa Michaela Savonaroli (Practica medicinae, 1486), Valescusa Tarenty (Practica siue Philonium, 1490), Mateusza Silvaticusa (Liber pandectarum medicinae, 1498) oraz Chirurgię Piotra Argelatty z 1499 r. Studia trwały wówczas trzy lata, a zajęcia prowadziły prawdziwe znakomitości, np. Gabriel Zerbi, doskonały i legendarny wówczas anatom oraz internista. Oprócz wykładów, studenci zdobywali praktyczne wiadomości przy łóżku chorego, uczyli się też korzystania z ziół leczniczych. Kopernik studiował jednak dwa, a nie trzy lata, i dlatego naukę ukończył z licencjatem, zamiast z tytułem doktora. Uzyskana wiedza i umiejętności wystarczyły jednak, by w przyszłości uznawany był za bardzo dobrego lekarza, tym bardziej, że ówczesna medycyna przenikała się miejscami z astronomią i astrologią.
Gdy w 1503 r. Mikołaj Kopernik powrócił na Warmię, wysłany został do Lidzbarka, gdzie miał dbać o zdrowie swego wuja, biskupa warmińskiego Łukasza Waczenrode. Był niewątpliwie jednym z najbardziej znanych lekarzy-praktyków działających w jego czasach w Prusach Królewskich. Pozostawał też w kontakcie z innymi szanowanymi medykami. W trudnych przypadkach konsultował się z  doktorem Wawrzyńcem Wilde z Królewca lub z Benedyktem Solfą, nadwornym lekarzem polskiego króla, Zygmunta Starego. Z zachowanej korespondencji wynika, że Kopernik leczył najznamienitsze postacie swego otoczenia – z jego usług i porad korzystali m.in. wszyscy współcześni mu biskupi warmińscy – Waczenrode, Fabian Luzjański, Maurycy Ferber i Jan Dantyszek. Z pomocy doświadczonego lekarza korzystali także kanonicy fromborscy – cierpiący na malarię Tiedemann Giese, Feliks Reich, któremu doskwierały krwotoki oraz brat astronoma, Andrzej Kopernik, chorujący na trąd. Kopernik pomagał również krewnym kanoników, a być może doglądał również chorych w szpitalu św. Ducha we Fromborku. Według XVII-wiecznej opinii Szymona Starowolskiego, pochodzący z Torunia kanonik miał leczyć także ubogich i to nieodpłatnie. Kopernik stale powiększał swoją wiedzę teoretyczną z zakresu medycyny, dokupując do swego księgozbioru kolejne książki poświęcone tej dziedzinie nauki i wykorzystując je w swoich zaleceniach lekarskich.
Mikołaj Kopernik nie dokonał żadnego przełomu w medycynie. Był w tej dziedzinie dzieckiem swojej epoki, walczył z chorobami za pomocą środków, jakimi dysponowała ówczesna nauka i praktyka medyczna. Pozostawione przez niego recepty wskazują wyraźnie, że w swej działalności lekarskiej używał często stosowanych przez innych lekarzy składników, choć unikał popularnych wówczas środków nie kojarzących się dziś z medycyną, takich jak mocz, żaby, węże, nietoperze czy zwierzęce pazury lub substancje trujące. Był przy tym zwolennikiem leków nie mających zbyt skomplikowanego składu.
Świadectwem pamięci o Koperniku jako lekarzu są liczne portrety przedstawiające go z konwalią – symbolem sztuki lekarskiej.

Źródło:
http://copernicus.torun.pl/nauka/medycyna/3/
http://olsztyn.gazeta.pl/olsztyn/1,35187,7909914,Medyk_z_Lidzbarka_Warminskiego.html